Die Glutenintoleranz hat verschiedene Ursachen, die Gegenstand der aktuellen Forschung sind. Die größte Rolle bei der Glutenintoleranz spielen aber die Gene.
Leider konnten die Ursachen der Glutenintoleranz noch nicht abschließend geklärt werden. Jedoch ist anzunehmen, dass – wie so oft – die Gene eine Mitverantwortung tragen, und zwar die sogenannten HLA-Gene (humane Leukozytenantigene). Diese sind wichtig für die Kontrolle von Entzündungs- und Abwehrreaktionen des Körpers und spielen beispielsweise bei Organtransplantationen eine große Rolle. Unter diesen Genen befindet sich jedenfalls das für Zöliakie am häufigsten nachgewiesene Gewebsantigen „HLA-DQ2“, welches zum Auslöser der Krankheit werden kann. Diesen HLA-Typus tragen rund zwanzig Prozent der Bevölkerung in sich. Jedoch bildet nur ein sehr geringer Anteil (zwei Prozent) im Laufe seines Lebens tatsächlich eine Glutenintoleranz aus. Deshalb kann man davon ausgehen, dass weitere Faktoren für das Auslösen der Glutenunverträglichkeit verantwortlich sind.
Bei Menschen mit genetischer Veranlagung zur Glutenintoleranz führen die im Gluten enthaltenen Prolamine und Gluteline im Dünndarm zu einer komplexen Immunreaktion. Es werden Antikörper gegen das Eiweiß selbst als auch Autoantikörper gebildet. Diese Autoantikörper gehören zum körpereigenen Abwehrsystem, die sich aber fatalerweise gegen gesundes Darmgewebe richten und entzündliche Reaktionen in der Darmschleimhaut hervorrufen. Da zwei verschiedene Typen von Antikörpern gebildet werden, sehen Mediziner die Glutenunverträglichkeit als eine Mischform aus Allergie und Autoimmunerkrankung an.
Umweltfaktoren, falsche Ernährungsweisen, zu viele Alkohol, Infektionen, Stress und ein schlechtes Immunsystems sind aber ebenfalls Faktoren, die beim Auftreten der Krankheit eine Rolle spielen können.
Verbesserte Diagnosemöglichkeiten sowie ein gesamtgesellschaftlich steigendes Gesundheits- und Körperbewusstsein haben dazu beigetragen, dass das Krankheitsbild der Glutenintoleranz immer häufiger entdeckt wird. Aber das ist nicht alles: Die Kombination beziehungsweise die Züchtung von Kreuzungen mehrerer Getreidesorten, die zunehmende Nachfrage nach Snacks und Fast Food haben neben der Erforschung der genetischen Ursachen die Diskussion über die Glutenintoleranz ins Rollen gebracht.
Neue Untersuchungen haben ergeben, dass gekreuzte Versionen der Getreidesorten, die wir essen, mehr Gluten enthalten als die ursprüngliche natürliche Form. Einige Forscher sehen hierin einen Grund für die steigende Anzahl von Zöliakie-Erkrankungen. Problem hierbei ist ebenfalls, dass der menschliche Körper evolutionsbedingt nicht für stark verarbeitete, industriell hergestellte Lebensmittel geschaffen ist und diese nicht verträgt. Dank der Fast Food und Snack Industrie ist Gluten heutzutage aber in unbeschreiblich vielen Nahrungsmitteln enthalten.